На офф. сайте ЕГЭ написано так:
Quote
Экзамен по предмету считается не сданным лишь в том случае, если участник ЕГЭ набрал количество баллов ниже минимального порога, установленного Рособрнадзором. В этом случае результат заносится в федеральную базу данных, а в свидетельство о результатах ЕГЭ - нет.
То есть в базу результат заносится, в сертификат - нет.
Но резы, которых нет в сертификате, в любом случае вуз интересовать не будут, у них и без этого дел хватает.