Балльная система - это когда за все вам дается (парам!) баллы.
За посещение семинаров, лекций, активное участие в работе на семинаре, всякие доклады, рефераты и т.д.
И в итоге с этими баллами выходите на зачет/экзамен. На зачете/экзамене тоже баллы. Это все суммируется и получаете итоговую оценку по пятибальной шкале.